1. Если отказано в визе в Болгарию, ставится какой-либо штамп в паспорте. 2. Если забрать паспорт по заявлению, не дожидаясь официального отказа, в базу по п.7 все равно занесут?

Нет. Давно не ставят уже Нет, не занесут, если к моменту получения паспорта без визы не будет принято решение об отказе. Просто ваше заявление на получение визы закроют. Только деньги потеряете