Делаю визу в Грецию. Если оплаченный отель, но скорее всего его отменю и поменяю на другой, точно ли аннулируют визу?

Если консульство решит выборочно удостовериться в действительности бронирования, которое вы прикладывали при подаче документов и обнаружит, что оно отменено - то да, могут аннулировать, случаи были.