Если прилетел в Египет регулярным рейсом, могу ли я вылететь чартером из того же аэропорта и с пребыванием менее 11 дней?

Нет, так сделать не получится. Если вы прилетели в Египет регулярным рейсом, то и улетать обратно нужно тоже регулярным — на чартерный рейс вас просто не допустят к регистрации. Это правило египетских властей, и оно не зависит от того, сколько дней вы провели в стране (11 дней или больше).

если бы вы чартером прилетели то улететь регулярным можно , если чартером прилетели и улететь чартером также можно

Любым можно, правило касается тех кто прилетел на 28 дней, остальных не касается