Подскажите, пожалуйста, может кто-нибудь ехал по маршруту из России в ЕС через погранпереход Ивангород-Нарва по действующей валидированной визе Д визитер ?

Пустят. Но имейте ввиду, что вытряхнуть могут даже зубную пасту и крема, если произведены в рф. Вообще эстонские погранцы это мерзкое отношение ко всем даже с двойными паспортам