Подскажите пожалуйста из Японии можно вывозить только 100 тысяч йен на человека, правильно понимаю? И что происходит в случае превышения лимита? Едем первый раз, прочитала про декларацию не совсем поняла

Где читали про декларации - больше не читайте. Если конечный пункт вашего путешествия РФ, то да действует это ограничение в любой валюте причем. На практике ничего страшного, всем все равно, может подойдут спросят, максимум попросят показать кошелек. Превышение естественно убираем оттуда) А вообще можно все тратить, в Японии есть куда:)