Составляем маршрут, сориентируйте, пожалуйста, если летим Гонконг-Сигапур (96часов транзит)-Шанхай могут быть проблемы на границе с 3 страной из-за Гонконга-Шанхая? Был у кого-то похожий опыт? Читаю разное в инете, кто что говорит

Гонконг и Макао - это САР(спец административный р-он). В самом Китае выезд на территорию этих районов считается выездом в другую страну. Вероятней всего, Сингапур будет расценивать так же.

Будет точно, раньше прокатывало, больше не прокатывает. Сингапур уже считает ГК и Макао Китаем

В этом случае проблемы обязательно будут, т.к. Гонконг - это Китай (пусть и с широкой автономией, своей валютой и своими паспортно-визовыми нюансами). Но, это все же Китай. Ни одна страна мира не признает суверенитет Гонконга. Таким образом, у Вас перелет Китай-Сингапур-Китай, что по правилам VFTF не допускается.