Планирую учебу в Испании. скажите пожалуйста, знаю что при поступлении в бачийерато считается общий баланс оценок за eso.

В госшколах религия дается как оптатива, поэтому да, учитывается

Но учитывается только в случае если университет католический, от самой школы это не зависит

Учитывают то, что стоит в аттестате, в обоих случаях. Итоговый набор предметов может быть разным у разных учащихся. В баче будут модалидады, так что средний балл будет выводиться из совершенно разных наборов предметов.