Жду визу в Италию на языковые курсы категории С уже почти 90 дней, подавала документы в Москве в начале апреля. подскажите, пожалуйста, есть какие-то максимальные сроки рассмотрения? и как думаете, такой срок может означать отказ, или неизвестно?

Ответить точно нельзя, потому что у вас виза С, хоть и учебная, они рассматриваются в другом порядке. Для визы Д было бы скорее да. Для виз С сейчас среднее рассмотрение 60-80 дней, а вы все-таки едете не на экзамен, вряд ли вас в отдельном порядке рассматривают. По правилам срок рассмотрения до 90 дней, но они иногда выходят из этих правил, особенно в сезон