Подскажите взяла билет Москва Кишинев , транзитом через Ереван .

Если компания одна, то перерегистрация не нужна. На всякий случай при регистрации в России спросите, там точно скажу.

Проверьте , чтобы в билете был номер брони на весь рейс , от Москвы до Кишинева. Если он один, то Вам не о чем беспокоиться . А вот если номера брони рейса отличаются, то придется покинуть транзитную зону, получить багаж, вновь зарегистрироваться на рейс Ереван - Кишинев.