Подскажите, пожалуйста, нужно ли заполнять какие либо документы при прилете в Японию в аэропорту? Или просто пройти паспортный контроль и все?

Если получите куар-код на visit japan web, больше ничего заполнять не нужно будет

Visit Japan заполните заранее (вбейте в поиске сайт). Там сделаете qr, тогда ничего заполнять не надо, только паспортный контроль пройти. Увидите там автоматы для qr, отсканируете.

В одном ЛК заполняете на всех членов семьи, но qr формируете каждому свой, не забудьте сделать скриншоты.

По времени зависит от удачи сколько рейсов прилетит с вами одновременно. У нас в Осаке в последний раз ушел наверное час на все про все