Планируется двенадцатичасовая пересадка в Мюнхене. Мы с ребенком трех лет. Коляска будет в багаже, а багаж зарегистрирован до конечного пункта.

А вы уточняли у авиакомпании, допускают ли они разделение багажа? В некоторых случаях можно зарегистрировать часть багажа до конечной точки, а часть до пересадочного пункта

Я пару раз видела, когда коляску отдавали прямо в конце «рукава» перед входом в самолет.

Может быть узнать в авиакомпании?

Попросите авиакомпанию заранее, возможно они выдадут вам коляску в мюнхене. Желательно конечно чтобы это была компактная коляска, которую можно потом у трапа будет сдать.

На сайте аэропорта Мюнхена сообщается, что у них можно взять коляску

Коляску можно же сдать прям перед трапом