Подскажите пожалуйста рейс Pegasus Мюнхен-Стамбул-Москва, нужна ли повторно регистрация в Стамбуле, или багаж идет сразу до Москвы?

если единый билет, не нужно повторно регистрироваться. просто идете транзитом по указателям.

в любом случае при сдаче багажа можно будет уточнить, обычно говорят, что он сразу до конечной точки едет, и бирку соответствующую вешают