Хотим поехать из Москвы в Калининград к родителям через Литву на авто которое зарегистрировано на юрлицо, водитель авто - и учредитель и гендиректор этого юрлица .

Вы напишите на пост в медининкай их ответ будет наиболее точным. По идее если еще оформите командировку какую в Калининград, по рабочей необходимости то должно все быть логично. Но у Литовцев свои взгляды на транзит.