Подскажите, при пополнении карты/счета банка апоалим через банкомат есть комиссия за операцию?

Есть.

1,5 шек вроде

Конечно есть.

Базово есть всегда. Но если Ваш счет освобожден от комиссий по операциям, то она не спишется несмотря на то, что сообщение о комиссии будет показано на экране банкомата.