У меня остались билеты Москва - Турция - Берлин и также обратно. Смогу ли я воспользоваться первым сегментом перелета? Билет обратно не обнулится, если до конечной точки не доеду?

Если заранее измените (и возможно по тарифу). Т.к. иначе агент на чекине же будет видеть дестинэйшн, а там Германии, в которую нету визы.

Наверное, теоретически можно просить агента чекинить до Турции, но на практике не думаю что это осуществимо. на практике никто не проверял

Мне кажется, надо писать туда, где покупали билеты, и уточнять все нюансы