А можно ли как то подать визу Японии из другого города если нет возможности лично приехать в посольство?

Именно прямая удаленная подача не предусмотрена, только через третьих лиц, которые лично отнесут документы.

В Москве и Питере через ВЦ подача. Можете не сами, а через друзей, например. Достаточно простой доверенности.