Подскажите, пожалуйста, если после получения визы, даты вылета и прилёта не будут совпадать с маршрутным листом, (но все в пределах даты визы), будет ли это нарушение?

Нет, конечно же

Вы пишите в маршрутном листе предположительные рейсы. К моменту получения визы их может вообще уже не быть. Либо вы запрашивали 10 дней, а вам дали на 15 и вы решите поехать на 14, например.