У меня два гражданства: Молдова и РФ. Если прохожу границу между РФ и Эстонией, где какой паспорт показывать или оба ?

Оба можно

В Эстонии - пасп Молдоаы, на рф - пасп рф. Но в итоге Вас оба заставят показать.

Сегодня проходил, и там и там смотрели оба паспорта. РФ интересовались, бывал ли на Украине. В сторону Эстонии обе границы полчаса, обратно очередь.