Подскажите пожалуйста,если из Японии вылетать в другую страну (не Россия) ограничения по вывозу валюты так же действуют?

Да, у вас попросят конечную точку прилёта

Ограничение на вывоз денег в РФ, а не на провоз денег гражданами РФ

По идее, вопросы возникают только если у вас единый билет Япония - Китай - РФ