Подаю документы на визу Испании. в бумажной анкете national identity number - это номер отечественного паспорта?

Нет. Это вообще не заполняем. Это для лиц с двойным гражданством. Там даже указано, что "если применимо".

Многие ничего не пишут. Другие - гражданский паспорт. Ни на что не влияет.

Так на всякий случай.

Образец заполненной анкеты есть на сайте ВЦ.

Там все очень понятно и наглядно.