Подскажите, пожалуйста, кто пытался при пересечении границы Эстонии оставлять в качестве залога за автомобиль недвижимость/квартиру ?

Нет такого варианта.

И залогом то, о чем Вы говорите, называют условно.

По умному - обеспечительный платёж.

И это целая процедура с оплатой по карте или по банковским реквизитам на счёт ФТС.