Подскажите, нужна ли виза, если нахождение в Сингапуре будет три дня, прилет будет из Индонезии, а далее в РФ?

Нет

Вы пишете, что прилет будет из Индонезии. Это нормально. Далее в РФ. Но из Сингапура в РФ нет прямых рейсов. Нужно смотреть на первую точку пересадки в РФ. В вашем случае может быть любая, кроме Индонезии.