Как работает система EES внутри шенгена? Или она только при прилете или вылете из ЕС?

Система EES только на пересечение границы Шенгена. Внутри Шенгена - проверки на разных границах уже внутренние, в частности, на границах Германии. По моему опыту самый расслабленный контроль в скоростных поездах - там чаще просто полицаи проходят по вагону, высматривая граждан нелегальной внешности, у них нет времени каждого дотошно опрашивать. Один раз всего опрашивали дотошно, задержали поезд, я не успела на пересадку, а дойчебан не вернул деньги, потому что это действия властей))

На автобусе часто проверяют у всех, но у них тоже нет цели прям трясти всех подряд

Самое страшное - аэропорт. В случае как раз выборочной проверки у них есть и время и возможность проверить все брони и билеты и полномочия не пустить и даже аннулировать визу