Помогите разобраться с вопросами по Navigo) 1.

Не пользовалась приложением, но при покупке физической карты (в терминале или кассе, это без разницы) можно сразу на нее купить проездной.

То есть вы в терминале покупаете проездной, он вам сам карту к покупке добавит, раз у вас нету (он это понимает, потому что вы не приложили карту к терминалу в самом начале, а он просил). Регистрировать в приложении Навиго нужно, только если вы хотите купить билеты/проездной в случайный момент без терминала поблизости (онлайн оплата картой), но у вас же и так проездной будет, не вижу необходимости заморачиваться