Может быть кто-то удивительным образом ввозил авто в Эстонию из рф и перерегистрировал там? Буду благодарна за ответ

Свежий релевантный опыт Вы вряд ли найдете. Вопрос, по сути, сводится к тому, можно ли въехать в ЭР на росс. транзитных номерах либо ввезти машину несопровождаемым грузом вообще без номеров.

Шанс, на мой взгляд, есть в канве переезда на пмж (тогда и растаможка будет без налогов и пошлин) Напишите в соотв эстонские структуры ( в таможню, м.б. генеральному импортеру и в трансп департамент), Вам дадут официальные ответы можно ли машину ввезти, растаможить, внести в " белый список ес" и поставить на учет)

В любом случае машина по VIN должна быть нероссийской.

Это абсолютная бессмыслица, граничащая с безумием. Машину гораздо дороже продать в России. А в Эстонии пришлось бы платить пошлину (даже если бы было разрешено ввозить)