Дали Испанскую визу с окном с 12 марта по 25 апреля на 30 дней. Планирую лететь в 29 марта по 27 апреля через Испанию в Италию, Получается будет оверстей 2 дня, как потом отнесутся на вылете из Италии?

Выпустят, но очень большая вероятность что будет отметка о нарушении визового режима. А это в свою очередь чревато запретом на выдачу шенгенской визы минимум на год. Это было еще задолго до ковида.

Помимо запрета, ещё возможны штрафы

штраф, плюс запрет въезда в Шенген до 5 лет