Может кто в курсе, возможно ли записаться на подачу на визу д Испании напрямую в консульство в Питере? Не через визовый центр

Только если Вы собирается ехать по приглашению от резидентов ЕС, если они Ваша супруга или родители ( а Вы моложе 21 года). Или дети, а Вы у них на иждевении.

Если вы подавали документы на получение ВНЖ и вам одобрили его получение, то вы идёте в консульство за визой «Д» а не через визовый центр.