Подскажите пожалуйста, я муж гражданин Казахстана, Жена гражданин Кыргызстана

Закон симметричный, казахи в КР тоже могут только 90 дней. Чтобы продлить пребывание: предоставляют справку с места работы и договор, этого хватит на 1 год. Либо делают ВНЖ (вид на жительство), есть еще варианты для тех кто учится или лечится и т.д.

Думаю в КЗ должно быть то же самое. Сходите в ЦОН и уточните.