Подскажите, подскажите, Если маленький остаток показываешь по карте (основные суммы лежат на депозитах), высок ли риск отказа в визе на Кипр ?

Так и с депозитных счетов выписки делайте и показывайте.

Мы с депозитов показывали остатки - норм проходит

Покажите дополнительно выписку с депозита. Это нормально не хранить деньги на текущих/карточных счетах.

Ничего «перекладывать» для визы никуда не нужно.