Подскажите пожалуйста, может ли гражданин РФ влететь в Казахстан по загранпаспорту а вылететь по российскому паспорту ?

Может

Вообще лучше так не делать. Вы в системе у казахстанских пограничников будете числиться по заграну. И при вылете вам придется как-то доказывать, что вы с российским паспортом - это тот же человек, что влетел по заграну. А зачем вам это? Если, скажем, вы влетаете в Казахстан из третьей страны по заграну, так и вылетайте в Россию по нему же. А вот в России, если вы свой загран светить не хотите перед российскими пограничниками, уже внутренний предъявляйте. Паспорта нужно менять во время перелетов (вылетел по одному - влетел в другую страну по другому), а не во время пребывания в одной стране, тут влет и вылет лучше делать по одному и тому же документу.