Подскажите пожалуйста, собираемся с сыном ( 16 лет) посетить Японию в начале мая. Я буду делать себе визу, а у сына двойное гражданство ( РФ и США).

По опыту – люди показывают оба паспорта и ок. Но это когда два российских заграна.

В вашем случае самое простое – поменять данные паспорта в билете, обратитесь по месту покупки

По идее просто предъявляет паспорт США и проходит пограничный контроль.

Билет на пограничном контроле не предъявляют. Возможно, посадочный талон, но в нём нет паспортных данных, только ФИО.

Таможне же вообще индифферентны ваши паспорта, визы и билеты. Ей вы показываете ваш багаж и ручную кладь (если попросят).