У меня вопрос такой: если я подаю для студенческой визы в посольство Германии с учетом гражданств как Армении, так и России, стоит ли вообще указывать и российское гражданство, учитывая всю эту обстановку?

Ну если не указать, и выяснят что оно есть. Я думаю, что можно получить потом отказ за сокрытие этой информации

Указывайте конечно

скрывать информацию точно никакую нигде ни ни какие визы не стоит, технически это фрод со всеми вытекающими. если дальше всплывёт когда-либо и будет расхождение, это точно большие проблемы