Подскажите, пожалуйста, если бронь билетов делать на перелет из Москвы, а потом в итоге буду выкупать из Спб - это критично для одобрения визы Японии ?

насколько я знаю, после того, как вы получите визу, вы можете делать что угодно

Эти брони только для визы, так что после получения можете вообще как угодно менять маршрут. Вообще, хоть другие дни, хоть города.