Подскажите, пожалуйста: если у меня ранний вылет из Токио и я планирую выписаться из отеля на день раньше, чтобы провести последнюю ночь в аэропорту, допустимо ли указывать это в визовой анкете?

Желательно, чтобы все ночи были покрыты отелями, поэтому в плане поездки просто напишите выезд в последний день и дорогу в аэропорт. Детали, что вы собираетесь ночевать в аэропорту, не нужны. Только если вы собственно не улетаете этой самой ночью.