Подскажите пожалуйста, путешествую с питомцем , в какую базу данных должен быть записан чип для переезда из России в Германию?

Он может быть никуда не записан! Достаточно того, что у вас будет паспорт животного с вписанным туда чипом, сертификат на этот чип и титры с этим чипом. Ну и ваше животное с рабочим чипом.