Подскажите, пожалуйста, где можно прочитать про транзит по земле из России через Эстонию и далее через ЕС в третью страну ( не ЕС)

Похоже, Вам надобно почитать директиву 2004/38

Смутило «потом не ЕС», но, изначально-то там…

Правила стран ес, сопредельных с рф несколько отличаются, но шенгенская (любая) виза для супруга - негражданина ес нужна. Логично, если это будет виза страны гражданства супруга - гр ес, хотя некоторые страны еще дают визы держателям пасп рф без особенных оснований.

Для вьезда в ЭР супруги должны следовать вместе.

Для вьезда в Латвию супруг- негражданин ес может следовать самостоятельно. В любом случае нужно св-во о браке (при необходимости с апостилем). Надо выполнять общие требования на вьезд и пребывание в соотв. стране ( страховки, деньги и др). 10-детний пасп рф обязателен. Для Латвии также требуется подача уведомления по eta.