Есть какая то разница, делать qr код через visit Japan web. Или просто показывать паспорт для такс фри?

Нет разницы. Но кьюар-код немного где принимают. Да и вообще неплохо паспорт с собой иметь всегда.

Код вы делаете для таможни чтобы бланки на границе не заполнять. А такс там кусок незаработавшей схемы, которая окончательно умрет в ноябре 26-го.