Почему у Ecolines на маршруте Рига-Питер 2 разных эстонских пункта стоит, кто нибудь на нем ездил ? Как вообще теперь ходят рейсы ?

Всё как написано в описании маршрута, они делают остановку (но может реально пересадку, не уверена) на Лухамаа и дальше едут и проходят границу в Койдуле.

Потому что лицензия на поездки из Латвии закончилась. Теперь это поездка Рига-Лухамаа и Лухамаа-Койдула-Спб.