Подскажите если мы выезжаем из России в Казахстан, а потом в Кыргызстан по российскому паспорту. Обратно из Кыргызстана в Казахстан не возникнет проблем или лучше ехать с загранпаспортом?

Не возникнет, если сроки прибывания не нарушите. Но как мне кажется, когда печать в загране стоит, что тоже кстати нужно контролировать, а то казахи частенько или забывают, или специально химичат, тогда шансов на спорные вопросы меньше.