Прилетаем в Дели 4 апреля, а вылет обратно - в начале мая, 5 числа. Получается больше 30 дней. Что делать? заранее на вторую визу подаваться? или уже после активации первой, когда в Непал доберёмся?

Делайте сразу на год или пять лет.

Пока действует первая виза на вторую не подать заявку. А времени для маневра у Вас нет.

Если есть понимание, что вернетесь в Непал еще не раз - делайте сразу на 5 лет

Но эти визы за деньги... 5 лет вроде 120$ (было 80$)

А вам нужно будет проходить контроль в Индии или сможете пройти транзитом? Если транзитом, то активируйте просто визу, когда поедете обратно (у вас в визе должно стоять до какого числа должен быть совершен первый въезд и после него 30 дней активируются)