Подскажите, пожалуйста, если делали совместную запись на подачу визы в Японию, но не являемся родственниками, то план поездки должен быть идентичным у обоих? И в каждому маршрутном листе нужно вписать ФИО обоих туристов и оба номера телефона?

У каждого может быть свой.

В маршрутном листе не нужен номер туриста

План поездки не зависит от родства, он может зависеть от того, едете ли вы вместе или нет. Если вместе, то можно в шапке плана написать обе фамилии и вложить каждому одинаковую копию.