Подскажите пожалуйста, насколько хорошо работать Apple Pay в Токио с иностранной банковской картой, и можно ли через него же снимать наличку в терминалах?

Примерно в 50% случаев. При этом, карта с NFC может работать.

снимать наличку нельзя, насколько я знаю, нужна физическая карта

Еще нюанс - при возврате такс фри требуется, чтобы карта была выпущена на тоже имя, что и паспорт для такс фри (не все, но чем больше чек, тем больше вероятность, что потребуют). Кто-то показывал из приложения (те же счастливые владельцы Фридома), но прокатит ли 100% не знаю. При этом, возврат может быть и налом (карта не нужна). Это к тому что виртуалка хорошо, но пластик лучше.