Скажите пожалуйста доллары 2006 года меняют в Стамбуле? Если да, то с какой разницей от новых?

Меняют

Чаще с комиссией, если хорошо выглядят то можно найти и без комиссии, но возможно придется поискать такой обменник.

Комиссии разные в разных обменниках, кто во что горазд, ощущение что от балды решают какая комиссия, от 1 до 10 долларов с сотни.