Делаю визу в Японию. если подать доки 3 марта, а поездка 28 мая, норм?

Да

После одобрения вы можете пересечь границу в течение девяносто дней)

То есть вы должны заехать в течение девяносто дней после одобрения и с момента одобрения вы можете уже пробыть пятнадцать или тридцать дней внутри

Да, это норм.

Условно подадите 3 марта, визу выдадут ближе к 10 марта, а значит коридор въезда по визе будет до 10 июня. Именно въезда. А далее уже после въезда – отсчет одобренного количества дней.