Подскажите, а можно бронировать туры в Европу через российское турагентство и лететь с паспортом Молдовы после пересадки?

Ну да

По идее можно все оформить на молдавский загран и только пограничникам в РФ показывать загран РФ, а представителям авиакомпании молд загран.

Вопрос в другом, оформляют ли сейчас агентства туры в ЕС?!

Можно самостоятельно купить билеты, оплатить бронь отеля и ехать. Смысл переплачивать?

Выбираете страну, смотрите как и где бронировать жилье и покупать билеты из рф.