Объясните, пожалуйста, как устроено ценообразование во Франции , почему дольше - дороже, это разве не наоборот должно работать?

Потому что там с пересадкой маршрут за 130€. То есть маршрут непрямой и по км длиннее (не проверяла), значит, вполне может быть более дорогим для SNCF по себестоимости, а значит, и для пассажира.

Железные дороги во Франции не везде проложены напрямую.

Разные типы поездов, медленные = старые, поэтому дольше ехать дешевле.

Ещё бывает динамическое ценообразование, в основном как раз на более быстрые, за пару месяцев дешевле всего