Подскажите, пожалуйста, едем на поезде Омск-Петропавловск, потом пересадка Петропавловск-Астана, где происходит пограничный контроль? И хватит ли на 55 минут на пересадку в Петропавловске?

Вы ведь на одном поезде едете, только с разными билетами, я правильно понимаю? Т.е на участке Омск-ПП он называется 145, а ПП-Астана 146. Конечно, перейти в своем поезде в другой вагон вы точно сможете. Российский погранконтроль в Исилькуле, а казахстанский на ходу начнется, как только на территорию РК заедете. Ну, возможно, завершать его будут в Петропавловске. Но обычно уже за полчаса до отправления все пограничники уходят, и начинается обычная высадка-посадка.