1. Если въехать из Малайзии сухопутно и иметь билет Сингапур - Москва - это будет считаться транзитом? 2. Какой официальный сайт для оформления визы?

Сухопутно так не работает, летите )

Офиц сайта для виз нет, агентства - самый ходовой вариант. Или в посольство топать. Или друга-местного гражданина или PR просить.

Въехать можно,главное покинуть авиа транспортом в третью страну. По поводу визы не подскажу.

Если въехать любым способом из Малайзии, имея на руках билет на самолет из Сингапура в неМалайзию, то проблем не будет. И виза не нужна если въезжаете на срок до 96 часов