Почитала много советов про интересные места и районы Японии для посещения из Токио и Киото. А подскажите, пожалуйста, как быть если поедем зимой?

Если хотите больше снега и зимы плюс погружения в горячие источники с обезьянами то вам на хоккайдо. Зимой особенно красиво. Если не готовы тонуть в снегу и хотите именно посмотреть город лучше Токио берите. В осаку и киото можно в целом, но лучше туда осенью или весной более зрелищно. И готовьтесь к отсутствию отопления в некоторых отелях/хостелах, лучше заранее уточните есть ли у них кондиционеры и работают ли они на обогрев, если это какие то небольшие будут отели