Если дали Мульти на 3 года, и написано 30 дней пребывания: Это значит, что каждое пребывание должно быть не более 30 дней? Или суммарно за 3 года до 30 дней можно в Японии находиться?

Ну, это же звучит даже немного глупо, что вам дают визу на 3 года, и за эти три года вы можете находиться там всего 30 дней. Смысл тогда названия мульти?

Каждое пребывание 30 дней, но не более полугода, если не ошибаюсь, либо не более 3х месяцев.

Каждая поездка не более 30 дней и суммарно не более 180 дней в год